El último equipo que dirigió el paraguayo, José Saturnino Cardozo, fue Jaguares de Chiapas en el Apertura 2016, ahora regresa como entrenador con el Puebla para el Clausura 2017.

Cabe recordar que en el A2016, el Presidente de Jaguares, Carlos López Chargoy, anunció la destitución de Cardozo, después de una derrota ante Chivas en la jornada ocho y se preveía la llegada de Sergio Bueno.

Posteriormente la directiva se echó para atrás, ya que los jugadores de Chiapas cerraron filas para solicitar la permanencia de José Saturnino Cardozo. El timonel optó dejar la institución por cuenta propia, tras caer estrepitosamente 3-0 ante Cruz Azul, una semana después.

El paraguayo dirigió nueve partidos en el Apertura 2016 y de los 27 puntos posibles, logró cuatro unidades, producto de una victoria ante Toluca y empate contra Veracruz.

Previo al inicio del torneo la directiva Chargoy tuvo que desarmar al equipo chiapaneco y vendió a Silvio Romero,  Luis "Chaka" Rodríguez y Avilés Hurtado.

Con Toluca

El paraguayo llegó a los Diablos Rojos para el Apertura 2013, calificó al equipo a la liguilla en quinta posición con 27 puntos y fue eliminado en semifinales.

Para el Clausura 2014, los Diablos terminaron en la segunda posición con 32 y nuevamente fueron eliminados en semifinales. En el Apertura 2014  acabaron con 29 puntos en la cuarta posición, por tercera ocasión quedaron fuera en fase de semifinales.

El último torneo que dirigió a Toluca fue en el Clausura 2015, no lograron calificar a la liguilla, terminaron en la décima posición con 24 puntos.

Con Querétaro

En el futbol mexicano debutó como entrenador con los Gallos de Querétaro, el paraguayo llegó como relevó de Matosas en la jornada 14 del Apertura 2011. En liga los dirigió cuatro partidos, ganó dos y perdió dos. Calificaron a cuartos de final y fueron eliminados por Santos.

Para el Clausura 2012 después de nueve jornadas fue destituido, los Gallos Blancos sumaron seis derrotas, dos empates y un triunfo siendo el último lugar con cinco puntos y antepenúltimo en la tabla de cocientes